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Dies führt zu Aufbau- und Funktionsstörungen der Zellmembran und die Vermehrung der Pilze wird inhibiert. Clotrimazol bindet zudem direkt an Phospholipide in der Zellmembran, was zu Störungen der Membranstruktur und Änderung der Membranpermeabilität führt. Die Wirkung ist primär fungistatisch, abhängig von hpv impfung urologe Clotrimazol-Konzentration am Wirkort auch fungizid. In vitro ist die Wirkung auf proliferierende Pilzelemente begrenzt, Pilzsporen sind nur wenig empfindlich.